Whitty dijo que el Reino Unido informó a la Organización Mundial de la Salud (OMS) de su descubrimiento.
El ministro de Salud, Matt Hancock, había anunciado el lunes que científicos identificaron una "nueva variante" en el sur de Inglaterra que puede expandirse más rápido.
Gran Bretaña ha experimentado este mes el incremento de casos y admisiones en los hospitales y el primer ministro Boris Johnson dará una conferencia de prensa sobre la situación del virus en la tarde del sábado.
Johnson parece dispuesto a anunciar nuevas restricciones para viajar en Londres y el sureste de Inglaterra durante las fiestas navideñas.
Whitty dijo que los miembros de un grupo de expertos le indicaron a él y al gobierno que temen que "la nueva cepa puede expandirse más rápido".
"Alertamos a la OMS", añadió. Agregó que no hay evidencias de que la nueva cepa cause más muertos o afecte la eficacia de las vacunas.
El viernes, el gobierno registró 28.507 nuevos casos en el Reino Unido y esta semana los casos se incrementaron en 40.9% con relación a la semana anterior.
Más de 1.980.000 personas han dado positivo en el Reino Unido.
Los habitantes de Gales e Irlanda del Norte deberán entrar en confinamiento después de Navidad.
Sin embargo, Johnson rechazó decretar un nuevo confinamiento en Inglaterra.
AFP