En 1972 el parlamento aprobó el Estado de Guerra interno y la Ley de Seguridad del Estado a partir de lo cual se entabló una ofensiva contra el Movimiento de Liberación Nacional Tupamaros. En ese entonces, el gobierno estaba a cargo de Jorge Pacheco Areco.
Bordaberry acordó con los militares sublevados en el Pacto de Boiso Lanza, donde estableció que el ejército debía respetar la Constitución, pero se creaba un Consejo de Seguridad Nacional (COSENA), integrado por el Presidente, los ministros, y el Jefe del Estado Mayor Conjunto. Marcaba la coparticipación militar con el poder civil.
En abril de 1973 la Justicia militar pidió al Parlamento el desafuero del senador frenteamplista Enrique Erro por su presunta vinculación con el MLN. El Senado lo negó y el 27 de junio de 1973 se resolvió la disolución del Parlamento, la suspensión de las actividades políticas y la disolución de los partidos y organizaciones vinculadas con la izquierda. La central de trabajadores (CNT) empezó una huelga general que duró hasta el 9 de julio.
A partir de allí, se desconocieron todos los derechos individuales y se inició un período de dictadura militar que finalizó en 1985.
En ese período hubo centenares de detenciones y se produjo la desaparición de decenas de uruguayos tanto aquí como en Argentina. En 1976, se calculaba que alrededor de 6 mil uruguayos estaban detenidos y 180 desaparecieron.
El 12 de junio de 1976, las Fuerzas Armadas declararon oficialmente que retiraban su confianza a Bordaberry lo que significaba su destitución. Las elecciones fueron suspendidas y se designó como presidente interino a Alberto Demicheli.
Un mes antes, el 20 de mayo, los asesinatos en Buenos Aires de los legisladores Zelmar Michelini y Gutiérrez Ruíz conmovían a todo el Uruguay.
Demicheli, se opuso a algunas resoluciones militares como firmar una lista de 15 mil ciudadanos que serían proscriptos por estar vinculados a actividades subversivas . Debió renunciar y en su lugar se designó Aparicio Méndez, quien había sido ministro y presidente del Directorio del Partido Nacional. Méndez gobernó desde 1976 a 1981.
El régimen sufrió su primer derrota en el plebiscito de 1980. En esta instancia, se convocó a la ciudadanía sobre una reforma constitucional que incluía, entre otras cosas, al COSENA como parte del Poder Ejecutivo. El NO apoyado por la mayoría de los sectores, obtuvo un 57,9% de los votos y el SI llegó al 42%.
Tras este fracaso, el gobierno militar decidió ir hacia la democracia estableciendo las elecciones internas de los partidos en 1982 y las nacionales en 1984. En setiembre de 1981, pasó a presidir el teniente general Gregorio Alvarez.
Bajo su mandato, y tras un intento fallido de recuperación económica, debido al crecimiento del déficit fiscal, el gobierno se vio obligado a romper la tablita y devaluar la moneda, lo que provocó una grave crisis económica.
Los comicios, efectuados con la mayoría de los candidatos proscriptos dieron vencedor, el 27 de noviembre de 1984 a Julio María Sanguinetti quien gobernó junto a Enrique Tarigo obteniendo un 40,97% de los votos.