En las aguas residuales de Nueva York hay una misteriosa señal de coronavirus

Por The New York Times | Emily Anthes

El pasado mes de enero, un equipo de investigadores que buscaba el coronavirus en las aguas residuales de la ciudad de Nueva York detectó algo extraño en sus muestras. Los fragmentos víricos que encontraron presentaban una constelación única de mutaciones que no se habían visto en pacientes humanos, una posible señal de una nueva variante no detectada con anterioridad.

Desde hace un año, estas secuencias extrañas, o lo que los científicos llaman “linajes crípticos”, han seguido apareciendo en las aguas residuales de la ciudad.

No hay pruebas de que estos linajes, que llevan circulando al menos un año sin superar a delta u ómicron, representen un riesgo elevado para la salud de los seres humanos; pero los investigadores, cuyos hallazgos se publicaron el jueves en Nature Communications, aún no tienen idea de su procedencia.

“En este momento, lo que podemos decir es que no hemos encontrado los linajes crípticos en las bases de datos humanas, y hemos buscado por todas partes”, señaló Mónica Trujillo, microbióloga del Queensborough Community College y autora del ensayo nuevo.

Los investigadores mismos tienen opiniones divididas sobre los orígenes de los linajes. Algunos se inclinan por la explicación de que el virus procede de personas cuyas infecciones no están siendo detectadas por la secuenciación; sin embargo, otros sospechan que los linajes pueden proceder de animales infectados con el virus, posiblemente de la enorme población de ratas de la ciudad. Aun así, la teoría predilecta puede cambiar de un día para otro o de una hora a otra.

Las respuestas siguen siendo imprecisas. “Creo que es muy importante que encontremos la fuente, y no hemos sido capaces de identificarla”, aseveró John Dennehy, virólogo del Queens College y autor del artículo

Secuencias extrañas

Los investigadores (entre los que también se encuentran Marc Johnson, virólogo de la Universidad de Misuri; Davida Smyth, microbióloga de la Universidad A&M de Texas y otros) han estado tomando muestras de aguas residuales de 14 plantas de tratamiento de la ciudad de Nueva York desde junio de 2020. En enero de 2021, comenzaron a realizar una secuenciación dirigida de las muestras, centrándose en una parte del gen que procede de la importantísima proteína de la espícula del virus.

Aunque este enfoque proporciona un panorama limitado del genoma viral, les permite a los investigadores extraer muchos datos de las aguas residuales, en las que el virus suele estar fragmentado. Los investigadores descubrieron que los fragmentos víricos con patrones nuevos de mutaciones aparecían de manera repetida en un puñado de plantas de tratamiento. (Dijeron que no podían revelar las plantas o zonas concretas de la ciudad).

“Hasta la fecha no hemos visto estas variantes entre los pacientes clínicos de Nueva York”, dijo Michael Lanza, portavoz del Departamento de Salud e Higiene Mental de la ciudad.

Investigadores de la Universidad de California, en Berkeley, han encontrado secuencias similares en una alcantarilla de California, dijo Rose Kantor, microbióloga de la universidad.

La búsqueda continua de los científicos para averiguar de dónde proceden las secuencias pone de manifiesto tanto el potencial de la vigilancia de las aguas residuales, que puede ayudar a los científicos a vigilar la evolución del virus, como el reto de identificar cualquier anomalía que surja de la oscuridad.

“Nos costó mucho entender qué era lo que teníamos”, afirmó Trujillo.

Los linajes podrían proceder de personas cuyas infecciones han escapado a la detección o cuyo virus no se ha secuenciado, pero el hecho de que sigan apareciendo en las mismas plantas de aguas residuales hace que esta teoría sea menos probable, al menos según los investigadores, dado que los neoyorquinos, y las variantes que puedan portar, tienden a moverse por toda la ciudad sin restricciones.

Aun así, Dennehy especuló con la posibilidad de que las secuencias pudieran proceder de personas recluidas en centros sanitarios de atención a largo plazo en unas pocas zonas de la ciudad, pero no ha podido demostrarlo. ¿Acaso tienen un origen animal?

Por otro lado, los linajes llevan circulando el tiempo suficiente como para que hayan aparecido en al menos una muestra secuenciada de una persona infectada, dijeron algunos científicos.

“Para que detectes algo en una alcantarilla, es necesario que haya una buena cantidad circulando”, comentó Adam Lauring, virólogo de la Universidad de Míchigan, que no participó en la investigación.

Johnson, el virólogo de Misuri, coincide. Es partidario de la hipótesis de que las secuencias proceden de animales, quizá de algunas poblaciones específicas con territorios limitados. En mayo y junio de 2021, cuando el número de casos humanos de COVID-19 en la ciudad era bajo, los misteriosos linajes constituían una mayor proporción del ARN vírico en las aguas residuales, lo que sugiere que quizá procedan de una fuente no humana.

Al principio, los investigadores consideraron un abanico de huéspedes potenciales diversos, desde ardillas hasta zorrillos. “Se trata de un virus muy promiscuo”, dijo Johnson. “Puede contagiar a todo tipo de especies”.

Para reducir las posibilidades, volvieron a las aguas residuales, bajo la suposición de que cualquier animal que estuviera desprendiendo el virus podría estar dejando también su propio material genético.

Aunque la gran mayoría del material genético en el agua procedía de humanos, los científicos descubrieron que también había pequeñas cantidades de ARN de perros, gatos y ratas.

Johnson ha estudiado a las ratas, que vagan por la ciudad en millones. En su laboratorio, creó pseudovirus (virus inofensivos que no se replican) con las mismas mutaciones presentes en las secuencias crípticas. Descubrió que los pseudovirus fueron capaces de infectar tanto células de ratón como de rata. Al parecer, la versión original del virus no puede infectar a los roedores, aunque algunas otras variantes, como la beta, sí pueden.

“Así que, en sí mismo, no es un dato de suma importancia, pero al menos es coherente con la idea de que procede de roedores”, dijo Johnson.

Desde el verano pasado, los científicos han estado trabajando con el Servicio de Inspección de Sanidad Animal y Vegetal del Departamento de Agricultura de Estados Unidos para buscar señales del virus en muestras de sangre y heces de ratas del lugar. Hasta ahora, no han encontrado nada.

“Tal vez no estemos dando con los animales adecuados”, afirmó Dennehy. Así que la búsqueda continúa. Johnson ha desarrollado una técnica nueva que puede amplificar solo las secuencias que no son de ómicron, lo que debería facilitar la detección de los linajes. También ha comenzado a buscar linajes similares en muestras de aguas residuales de otros estados, lo que podría dar más pistas sobre sus orígenes.

“Tarde o temprano lo sabremos”, concluyó Johnson. Mónica Trujillo, microbióloga del Queensborough Community College de Nueva York, filtra las bacterias de una muestra de aguas residuales que contiene rastros de coronavirus, el miércoles 2 de febrero de 2022. (Jackie Molloy/The New York Times) Marc Johnson, virólogo, coloca muestras de aguas residuales en una centrifugadora en la Universidad de Misuri en Columbia, Misuri, el 6 de mayo de 2021. (Michael B. Thomas/The New York Times)