El 5 de octubre de 2020, el último día del merado de pases de Europa, que se atrasó por la pandemia del covid-19, Manchester United adquirió a un joven Facundo Pellistri desde Peñarol por US$ 10.000.000, que se iban a abonar en dos pagos.
Desde ese momento, hasta enero, estuvo jugando en el equipo sub-21 de los Diablos Rojos, para a inicios de 2021 salir a préstamo al Alavés de España. Si bien tuvo pocos minutos, renovaron la cesión por una temporada más y se marchó del conjunto español una vez finalizada la campaña 2021/22.
Para la 2022/23, los rumores de una nueva salida era muchos, pero el neerlandés Erik ten Hag, flamante entrenador de United en ese momento, decidió que se quede ante la muy buena pretemporada que hizo, en la que, incluso, convirtió un gol en el clásico amistoso ante Liverpool.
Pese a los elogios del DT y que fue convocado para el Mundial de Catar por la selección uruguaya, solamente jugó 214 minutos durante toda la temporada, que se reparten en once partidos (dio una asistencia). En Premier League jugó 60’ en cuatro juegos, 107’ en Europa League en tres, 25’ en Copa de la Liga en dos encuentros y 22’ en FA Cup en uno.
Llegó la presente campaña y parecía que iba a salir a préstamo nuevamente, pero su buena pretemporada (un gol ante Athletic Club), los problemas legales del brasileño Antony y las diferencias entre ten Hag y el inglés Jadon Sancho, que obligaron a que ambos sean separados del plantel, hicieron que el uruguayo pasara a ser la única opción por el extremo derecho.
Se quedó y comenzó a tener oportunidades. Empezó como suplente viendo escasos minutos y, de repente, fue titular en el debut en la UEFA Champions League frente al Bayern Múnich. En total ya ha visto minutos en seis partidos y este sábado ante Crystal Palace inició desde el vamos por primera vez en la liga ingles. A los 21 minutos de la primera parte, llegó a 215’ en la temporada, superando la marca de la pasada campaña.