Sobre cómo fue el trabajo que permitió el hallazgo de la variante uruguaya del SARS-CoV-2

Una variante uruguaya del SARS-CoV-2 habría contribuido a la primera ola de coronavirus registrada en el país a fines de 2020, según reveló un estudio realizado por investigadores del Grupo de Trabajo Interinstitucional (GTI) en Vigilancia Genómica del virus. Denominada P.6, la variante local se registró desde fines de noviembre de 2020 hasta abril de 2021, surgió en Montevideo y fue la predominante hasta marzo de 2021, cuando la introducción y diseminación de P.1 la desplazó.

En diálogo con Montevideo Portal, la bióloga Natalia Rego, de la unidad de Bioinformática del Pasteur, explicó cómo lograron detectar la versión uruguaya del virus.

El origen de la investigación se da cuando Rego integraba el Grupo Fronteras, antes de que en marzo se conformara el Grupo de Trabajo Interinstitucional (GTI) en Vigilancia Genómica del virus. Rego comentó que en ese momento se estaba "en la primera ola de covid-19 y se vinculaba al aumento de movilidad y la relajación de las medidas, algo que no dejamos de decir que tuvo un rol y es importante".

"En nuestro primer trabajo evaluamos toda la frontera con Brasil y buscamos estudiar bien un solo departamento, por lo que elegimos Rocha. Conseguimos muestras de diciembre, algunas de noviembre, otras de enero y febrero. No podíamos trabajar a la velocidad que lo hace el GTI, porque los secuenciadores son los mismos, pero tienen menos capacidad. No teníamos destinados nuestros tiempos a trabajar solo en eso y por eso fue un trabajo más lento", señaló.

La investigadora sostuvo que en ese análisis encontraron que "la mayor parte de las secuencias eran B.1.1.28, que es el linaje parental, que entraba desde Río Grande do Sul. Lo mismo con P.2 y las P.1 encontradas en la segunda quincena de febrero". "Además, encontramos 11 secuencias, que también son del linaje B.1.1.28 que formaban un grupo aparte y tenían 10 mutaciones que las definían, pero dos de especial interés que son en la Spike y cerca de un sitio de corte importante para la proteína que es el sitio de corte de la purina, eso además le facilita fusionarse a la célula humana", agregó.

Rego dijo que cuando vieron esas dos mutaciones les llamó la atención y "cuando empezamos a buscar esas mutaciones habían aparecido en otras partes del mundo, en otros linajes que no tenían que ver con este. Eso para nosotros significa que tienen cierta importancia".

"Estas secuencias en vez de inferir que vienen desde el Chuy inferíamos que venían de otras partes del Uruguay y teníamos la hipótesis de que estas secuencias si bien tenían una secuencia cercana a Brasil, en la zona de Río de Janeiro y San Pablo, pensábamos que había habido una diseminación intermedia en otras partes del Uruguay", comentó.

"En marzo teníamos el CTI funcionado y estábamos secuenciando, por lo que empezamos a ver que estas secuencias las obteníamos de otros departamentos. Las secuencias de marzo y abril nos ayudaron a reconstruir lo que pasó antes, ahí fue cuando utilizamos de los freezer las muestras de febrero, enero y diciembre que encontramos y eso nos permitió inferir un poco mejor cómo fue que surgió, si bien idealmente tendríamos que haber tenido muestras de noviembre y octubre que no conseguimos", agregó.

Un jugador que entró y se vio desplazado

La investigadora señaló que pudieron "inferir que este linaje habría aparecido en noviembre de 2020 en Montevideo y diseminado en área metropolitana, y de ahí a otros departamentos". "Luego pudimos ponerle un nombre propio al linaje y realizamos un paper", comentó y señaló que esta variante fue "desplazada por la variante P.1 al ingresar en febrero".

Rego contó que se podría pensar que "quizás no fue solo la movilidad la que promovió la primera ola de covid en Uruguay, sino que estábamos teniendo un nuevo jugador, pero no del tamaño de la variante P.1, delta o alfa".

"Este linaje de alguna forma desapareció, el último registro es del 26 de abril, no quiere decir que esté totalmente extinto, sino que no lo volvimos a detectar por el momento. Ya hace tres meses no aparece, lo más probable es que haya desaparecido, pero no lo podemos asegurar", señaló la bióloga.

La científica destacó el trabajo y la importancia de la vigilancia genómica para detectar esta y otras variantes. "Al tener un sistema de vigilancia se pueden hacer secuenciaciones y esto sirve para tomar medidas con respecto al manejo de la pandemia. También generar un poco más de información a nivel mundial sobre las mutaciones", agregó.

Además, sostuvo que "es muy difícil discernir sobre qué porcentaje de un aumento de casos es por el aumento de la movilidad y qué porcentaje es porque una variante es un poco más transmisible que el virus original".

"Donde tenemos más la alarma es en ir mirando las muestras de P.1 que vamos secuenciando y no detectar cambios adicionales que puedan implicar que las P.1 vengan ´ recargadas´. Eso lo vamos viendo semana a semana", comentó Rego.