Instituto Clemente Estable logró secuenciar el 100% del genoma del COVID-19 de un paciente

El Instituto Clemente Estable logró secuenciar el 100% del genoma del COVID-19 de un paciente que se encontraba en el CTI del Casmu.

Además, con ayuda de los médicos intensivistas hicieron el seguimiento y secuenciado del virus en dispositivos y superficies.

Montevideo Portal consultó a tres investigadores que trabajaron en este proceso y explicaron qué significa este logro y cómo se llevó a cabo.

El doctor José Sotelo, jefe del departamento de genómica del Instituto Clemente Estable, dijo a Montevideo Portal que "el proceso de trabajo completo es que de la muestra del paciente se saca el ARN, ese ARN se convierte en ADN y ahí se usa PCR para amplificar la cantidad de fragmentos que uno tiene de la muestra".

"Se amplifica todo el genoma del virus y se hacen unos 100 fragmentos de 400 pares de base. Esos 100 fragmentos son copias de todos los genomas del virus que estaban en la muestra", agregó.

Sotelo sostuvo que "puede haber pequeñas diferencias entre los virus y eso es lo que tratamos de capturar. Este virus muta y cambia poco, por lo que probablemente no veamos muchas diferencias entre ellos".

"De esos fragmentos de grandes cantidades se procesa para colocar en el secuenciador. El secuenciador es un instrumento en donde se ponen los productos de PCR", añadió.

Por su parte, el virólogo brasileño Eduardo de Mello Volotao, que es asesor del Consejo Directivo del Clemente Estable para el tema de COVID-19 dijo a Montevideo Portal que "el genoma humano llevaba años, hoy con esta herramienta conseguimos velocidad y calidad de datos".

"Permite hacer las cosas mucho mas rápido y con más confiabilidad en cuanto a información y tecnología. Leímos el virus unas 40 mil veces. Es como si hubiésemos leído en una pagina de un libro las letras 40 mil veces para contar la historia", añadió Volotao.

El doctor Pablo Smircich. profesor adjunto del Departamento de Genómica del Clemente Estable e investigador categoría 1 del Sistema Nacional de Investigadores dijo a Montevideo Portal que "el genoma humano cuando secuencio llevó 10 años de secuenciado y salió varios cientos de millones de dólares".

"Con este tipo de tecnología un genoma puede secuenciarse por menos de mil dólares", sostuvo sobre el trabajo que han desarrollado en el instituto.

Sotelo, jefe del departamento de genómica del Clemente Estable, explicó queeste trabajo implica que "a los pocos días se conoce una secuencia del virus original y se puede contrastar con todos los genomas que se han secuenciado a lo largo del mundo, que hay más de 30 mil".

"Todavía estamos analizando el estudio y debemos esperar para sacar conclusiones sobre si el virus se parece a otro o no", explicó Sotelo.

Entre otras cosas se podría comparar al virus con otros que circulan en Uruguay o en el mundo y la importancia de la evolución del virus en la comunidad.

"Hay muchas respuestas dentro de ese código genético que se pueden buscar", dijo el virólogo Eduardo de Mello Volotao.

Por otro lado, Smircich comentó que "la idea es poner a disposición de la comunidad esta secuencia y las que se generen en el futuro con la capacidad que se desarrolló en el instituto".

"Posiblemente en unos pocos días tengamos una respuesta, pero los datos son muy nuevos en este momento", aseguró.

Los investigadores coinciden en que "está bueno recolectar información de las cepas circulantes como si fuera un cofre de información que tenemos junto".

"Cuando empiecen a haber desarrollos a nivel mundial para combatir la enfermedad uno podrá tener la idea de qué tipo de genomas hay", sostuvo el doctor Sotelo a Montevideo Portal.

También destacaron el trabajo en conjunto con la Facultad de Ciencias y el Instituto Pasteur con respecto a la secuenciación del virus.

Eduardo de Mello Volotao dijo que "lleva tiempo de computación para poder lograr los resultados".

"El virus tiene varias proteínas y cada una tiene su importancia, dentro de esa importancia hay que saber qué significan los cambios encontrados", dijo el virólogo.

Pablo Smircich señaló que "no se sabe qué cepas o variantes pueden ser importantes en términos de gravedad de la patología, eso está en estudio y aportar información genética en esto es sumamente importante".

"La capacidad del secuenciador que utilizamos y el protocolo para la obtención de secuencias permite secuenciar muchas muestras a la vez", aseguró el investigador.

Por último, el doctor Sotelo explicó que en este momento con el sistema que han diseñado tienen capacidad de secuenciar 100 genomas por semana.

"Si se consiguen las muestras y la financiación para hacerlo, que es la parte difícil porque es un procedimiento caro", concluyó.

Montevideo Portal