El uso del test PCR, siglas en inglés de Reacción en Cadena de la Polimerasa, ha sido discutido en los últimos meses por algunas personas que relativizan el impacto que la COVID-19 tiene a nivel global. La síntesis de este razonamiento es la siguiente: el PCR, la técnica más utilizada para determinar casos positivos de coronavirus, se aplica mal o en forma poco precisa, lo que provoca que se diagnostiquen como positivos (y por lo tanto, como posibles agentes de infección) a muchos individuos que no tienen el virus o que no lo pueden contagiar.

Para entender de dónde surge esta controversia hay que comprender cómo es que funciona este test. Lo que hace, básicamente es detectar y amplificar un fragmento del material genético de un patógeno a partir de una muestra de un paciente; en este caso en particular, una pieza del genoma del virus SARS-COV-2, que es el que provoca la COVID-19.

Si el test PCR encuentra esa pieza del genoma eso implica que el virus está presente. Para usar una comparación, es como si uno intentara saber si un cuento que uno busca está en un libro enorme y sin índice. La pieza del genoma, en esta comparación, sería equivalente a tomar una frase que uno sabe que se encuentra en ese cuento en particular y buscarla en todo el texto (o, para aquellos más familiarizados con lo digital que con el papel, a usar el Control F para buscar una frase en una página web interminable).

Para lograrlo, lo que hace el test PCR es tomar esa secuencia específica del virus y amplificarla (duplicarla) en cada ciclo, hasta obtener una cantidad suficiente para que el equipo en el que el análisis se lleva a cabo (un termociclador en tiempo real) detecte esa "señal" que revela la presencia del virus. Por ejemplo, si en el primer ciclo hay una copia de ese fragmento genético, en el segundo se producirán dos, en el tercero cuatro, en el cuarto ocho, en el quinto 16, en el sexto 32 y así sucesivamente.

Si uno encuentra la secuencia en los primeros ciclos de amplificación, significa que hay una carga viral alta, ya que fue fácil de hallar. Por el contrario, mientras más ciclos se demore en detectarla, menor será la carga del virus. El punto de debate es a partir de cuándo, de qué ciclo, se determina que una persona a la que se le encontró el virus es capaz de infectar a otras y por lo tanto debe ser aislada para minimizar riesgos.

En Uruguay, como en muchos otros países, ese umbral se determinó en 35 ciclos (este corte se expresa con la sigla CT, Cycle Threshold). Es decir, si se encuentra el virus tras correr hasta 35 ciclos de la muestra (o sea amplificar 35 veces), se considera que el paciente es positivo. A medida que se va aumentando la cantidad de ciclos requerida para evidenciar la señal positiva, se va disminuyendo la carga viral, y con menos carga viral hay menos chance de transmitir el virus. Como la misma Organización Mundial de la Salud aclara: "El ciclo umbral establecido para detectar el virus es inversamente proporcional a la carga vírica del paciente".

Haga OMS y respire

Quienes consideran que el positivo debe determinarse en un umbral menor a los 35 ciclos han agregado en las últimas semanas que la propia Organización Mundial de la Salud lo advierte en una de sus últimas comunicaciones oficiales. Esta semana, el doctor Javier Sciuto -quien a menudo es citado por quienes respaldan esta posición- dijo en "Esta boca es mía" (Canal 12) que "la OMS se retractó ahora, diciendo que por favor vean el valor del CT, porque el valor de CT altos da falsos positivos, y además solicita que se relacione con la clínica".

Más adelante en la entrevista insistió en que "la OMS se está retractando y diciendo cuidado con el PCR (...) porque está advirtiendo los falsos positivos que tienen".

¿Qué es exactamente lo que comunicó la OMS? ¿Qué hay de cierto y qué no en esa aseveración? ¿Implica que el organismo está sugiriendo que se reduzca el umbral de ciclos, como el que usa Uruguay? El aviso de la OMS al que refieren está fechado el 20 de enero de este año y es una aclaración de otro comunicado anterior, emitido el 14 de diciembre de 2020. Está dirigido a personal de laboratorio y usuarios de productos de diagnóstico in vitro.

Se titula "Aviso de la OMS para los usuarios de productos de diagnóstico in vitro. Técnicas de amplificación de ácidos nucleicos en las que se utiliza la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para detectar el SARS-CoV-2".

"La OMS pide a los usuarios que consulten el manual de uso para interpretar los resultados de las muestras analizadas mediante técnicas que utilicen la PCR. Los usuarios de productos para el diagnóstico in vitro deben leer atentamente el manual de uso a fin de determinar si es necesario ajustar manualmente el umbral de positividad de la PCR", indica la OMS.

"De acuerdo con las orientaciones de la OMS sobre las pruebas diagnósticas del SARS-CoV-2, es preciso actuar con precaución a la hora de interpretar un resultado positivo débil en un ensayo. El ciclo umbral establecido para detectar el virus es inversamente proporcional a la carga vírica del paciente", agrega.

El organismo no está diciendo con ello que considera que el corte de ciclos debe realizarse por debajo de los 35, sino que alude a algo bastante más técnico. Los equipos que realizan la PCR en tiempo real incluyen un termociclador y una unidad capaz de detectar señales fluorescentes (un fluorómetro) que monitorea el progreso de la reacción de amplificación. Esos colorantes son los que iluminan la muestra a medida que se producen las copias y dan la "señal" de que la pieza del genoma que estamos buscando fue hallada, con una salvedad: para que sea una señal inequívoca de infección debe superar cierto umbral de fluorescencia (el umbral de positividad al que se refiere la OMS) para distinguirse del "ruido" de fondo del equipo. La siguiente imagen muestra ese "umbral de positividad" y la señal de la fluorescencia superándolo en forma clara en el ciclo 19.

La OMS realiza esta aclaración porque en ocasiones, a ciclos muy tardíos pueden observarse "ruidos" por la degradación de las sondas utilizadas, por ejemplo, y un análisis incorrecto podría dar lugar a un falso positivo. De ahí a que es importante que se corte en el ciclo indicado en cada kit (en Uruguay, como dijimos, es 35 ciclos), que está correlacionado con el límite de detección de cada técnica

Hay otros kits que usan el punto de corte en el ciclo 40 porque la reacción de PCR tiene menos eficiencia y precisan por lo tanto más ciclos para detectar las mismas cargas virales. Todo eso se tiene en cuenta en las instrucciones de cada kit.

Por lo tanto, lo que hace la OMS es avisar a los usuarios de los test que deben leer atentamente las instrucciones de uso de cada kit, para determinar si es necesario ajustar manualmente este umbral de positividad para que el análisis sea certero.

La OMS agrega también que "es preciso actuar con precaución a la hora de interpretar un resultado positivo débil en un ensayo". "Cuando los resultados de la prueba no se correspondan con las manifestaciones clínicas se debe tomar una nueva muestra, que se someterá a la misma o a otra prueba de amplificación de ácidos nucleicos", indica. Para entender esto hay que recordar que la PCR es una foto del momento. Alguien a quien se le detectó el virus en el ciclo 35 (CT:35), por ejemplo, puede estar disminuyendo o aumentando su carga viral, lo que puede dirimirse con una nueva prueba.

La OMS agrega que la mayoría de los ensayos que utilizan la PCR son instrumentos que ayudan a establecer el diagnóstico. "Por consiguiente, los profesionales de salud deben interpretar sus resultados teniendo en cuenta el momento de muestreo, el tipo de muestra obtenida, las características del ensayo, las observaciones clínicas, los antecedentes del paciente, la infección confirmada en cualquiera de sus contactos y la información epidemiológica", dice.

Para volver a nuestro ejemplo, para saber si un paciente está aumentando o disminuyendo su carga viral es útil complementar con información clínica. Por ejemplo, puede que esté aislado desde hace varios días y sin síntomas, y por lo tanto es poco probable que vaya a transmitir el virus, o lo contrario: puede tener un resultado positivo débil al encontrarse aún en el período de incubación, pero días más tarde presentar un aumento de esa carga viral que se manifieste en síntomas y una mayor probabilidad de transmitir el virus.

La OMS también recuerda en su aviso lo expresado líneas arriba: cuanto más baja es la prevalencia de la enfermedad, mayor es el riesgo de obtener un falso resultado positivo o negativo. "Ello significa que la probabilidad de que una persona con un resultado positivo (es decir, en la que, supuestamente, se ha detectado el SARS-CoV-2) esté realmente infectada por ese virus se reduce a medida que baja la prevalencia, independientemente de la supuesta especificidad de la prueba", informa.

La OMS resume las medidas en su último comunicado con el siguiente orden:

1. Leer atentamente el manual de uso en su totalidad.
2. Consultar al representante del producto a nivel local si hay algún aspecto del manual de uso que no se entienda bien.
3. Comprobar que no haya cambios en el manual de uso de cada pedido.
4. Consignar el valor de Ct en el informe que remita al profesional de salud solicitante.

Resumiendo, la OMS no pide reducir el número de ciclos por la posibilidad de que se produzcan falsos positivos, pero sí recomienda prestar atención a las instrucciones de cada kit para que este problema no ocurra en los resultados "positivos débiles". Además, en esos casos da importancia al valor de Ct como insumo para los médicos a la hora de hacer sus diagnósticos, sumados a los datos clínicos y epidemiológicos.